Ο Τομέας Επιχειρησιακής Διεύθυνσης είναι αρμόδιος για την προετοιμασία και εποπτεία των διοικητικών πράξεων καθώς και για την καλή επιχειρησιακή διαχείριση της ΕΑΗΥ. Συγκεκριμένα, ο τομέας αυτός καλύπτει θέματα που αφορούν όλες τις υπηρεσίες της Αρχής όπως τεχνικά, λογιστικά και νομικά θέματα, τη συμμόρφωση με Ευρωπαϊκές οδηγίες, τους κανονισμούς και νόμους απασχόλησης με Ευρωπαϊκά και τοπικά προγράμματα και έργα.

Ο Τομέας Τράπεζας Δεδομένων και Συναφών Λειτουργιών έχει την συνολική επίβλεψη της λύσης του Ολοκληρωμένου Ηλεκτρονικού Φακέλου Υγείας του Πολίτη (ΟΗΦΥΠ), του ορισμού προδιαγραφών των δεδομένων ηλεκτρονικών μητρώων υγείας, τη διαχείριση των απαραίτητων μητρώων, ενσωμάτωση και διαχείριση χρηστών, πρόσβαση και παροχή γνώσεων και συμβουλών στα τμήματα Λειτουργίας και Εποπτείας.

Ο Τομέας Εθνικού Σημείου Επαφής για την Ηλεκτρονική Υγεία αναλαμβάνει την λειτουργική επίβλεψη του Εθνικού Σημείου Επαφής (ΕΣΕ), το οποίο αποτελεί το ουσιώδες μέσο επικοινωνίας και παροχής χρήσιμων και απαραίτητων πληροφοριών που αφορούν τη διασυνοριακή περίθαλψη και ειδικότερα την ηλεκτρονική συνταγογράφηση/ηλεκτρονική εκτέλεση συνταγής (ePrescription/eDispensation). Παράλληλα σχετίζεται με τη διαχείριση της κωδικοποίησης του Master Value Catalogue (MVC) και τη διασφάλιση της ευθυγράμμισης με τυχόν αλλαγές από πλευράς της Ευρωπαϊκής Ένωσης.

Ο Τομέας Τηλεϊατρικής έχει την επίβλεψη της λειτουργικότητας της τηλεϊατρικής καθώς επίσης και την έκδοση σχετικών κανονισμών υλοποίησης και χρήσης των εφαρμογών τηλεϊατρικής.